事实上，“东伊运”与“基地”的联系始于上世纪90年代。当时，“基地”组织邀请若干“中国新疆人”分赴阿富汗和阿巴边境的“基地”训练营接受训练，而与“基地”组织关系密切的巴基斯坦“伊斯兰圣战哈卡特”组织，则向“东伊运”提供直接援助。“伊斯兰圣战哈卡特”组织的头领卡里·萨弗拉·阿卡塔尔，还担负着巩固“东伊运”与“基地”以及“塔利班”之间关系的“特殊使命”。
“东伊运”现在还与伊拉克和阿富汗境内的其他“圣战”组织保持着不间断的联系。伊拉克战争爆发之后，去年被炸死、曾任伊拉克“基地”组织首领的扎卡维团伙影响力不断扩大，对全球的所谓“圣战”组织都产生了影响，“东伊运”自然也不例外。部分潜伏在欧洲的“东伊运”成员密切关注扎卡维团伙的战术与技术，以期提高其“恐怖破坏力”。扎卡维死了之后，他的接班人阿卜·哈姆萨·萨哈吉尔一直在巩固与“东伊运”的关系，希望“东伊运”能将其恐怖活动能力扩展到“新疆以外的其他地区”！
“东伊运”完成与境外其他恐怖组织的勾联与训练之后，开始潜入境内展开恐怖活动。1998年2月，“东伊运”二号人物艾山·买合苏木先后派数名恐怖分子潜入中国，在新疆和内地其他地区建立了10多个训练营，训练了150余名武装骨干。该团伙重要骨干买买提·热曼在乌鲁木齐市购买制爆化学原料20余种、301箱，重达6吨，价值10多万元，预谋在新疆进行大规模爆炸、暗杀等活动。1998年年初至1999年年底，“东伊运”指挥和田地区库来西团伙，在我国新疆和田地区秘密建立多处制爆窝点，培训人员，制造手雷、爆炸装置5000余枚，发展组织成员1000余人。先后制造了1999年和田地区墨玉县“12·１4”暴力恐怖杀人案，同年乌鲁木齐市“2·４”抢劫杀人案等一系列暴力恐怖案件，杀害无辜群众6人。“东伊运”还制造了1999年6月18日新疆新和县开枪杀害民警案等一系列恐怖案件。
2003年10月3日，艾山·买合苏木在南瓦济里斯坦地区被巴基斯坦突击队击毙。尽管此人丧命对“东伊运”影响颇大，但取而代之者很快就填上了这一空缺。
通过国外分支机构坐大
2007年3月9日，全国人大代表、新疆维吾尔自治区喀什地委书记史大刚，在北京向中外记者介绍了新疆的反恐和反分裂情况。史大刚说，“东伊运”2007年在喀什山区组织了一个训练营地，新疆警方在2007年1月5日进行搜捕的时候遭遇了这些恐怖分子，恐怖组织向公安干警武装袭击。干警当场还击，击毙18名恐怖分子，逮捕17名，缴获了大量自制的爆炸装置和武器弹药，光半成品的手雷就有1500多枚。在这次行动中，公安干警牺牲1名，受伤1名。截至目前，新疆警方仍在搜捕这一团伙，对已抓捕的恐怖分子正在进行审理。史大刚透露，被捣毁营地的头目是“东伊运”总头目艾山·买合苏木的师兄弟，这些恐怖分子都在塔利班和“基地”组织受训过，而且是从那儿派遣入境的。他们的目的就是想把新疆搞乱，分裂国家。
尽管中国安全机构打击“东伊运”等“疆独”势力非常有效，但“东伊运”通过在中亚、西亚和欧洲建立分支，得以继续存在与发展。“东伊运”从犯罪集团那里获得更加先进的武器，再加上它与车臣恐怖分子结盟，以及充分利用西方人权机构的影响，所以对中国的破坏能力也在加强中。
新加坡国防与战略关系研究所专家皮埃尔认为，“基地”组织和其他恐怖团伙会继续与“东伊运”合作，将来，“东伊运”甚至会将自杀战术用于中国国内的恐怖袭击中，这对于中国来说将是新的安全挑战。
反恐演习增强新疆应急能力
中国公安部新闻发言人武和平表示，当前，以“东伊运”为首的境内外“东突”恐怖势力及团伙，以破坏2008年北京奥运会为目标，正在积极策划实施恐怖犯罪活动。
事实上，除了中国外，哈萨克斯坦、巴基斯坦、美国和联合国均视“东伊运”为恐怖组织。
美联社4月12日报道，为加强反恐能力，新疆自治区人民政府相关部门日前举行了恐怖爆炸紧急应对演习。该演习于4月11日在乌鲁木齐举行，演习目的是测试乌鲁木齐医疗和相关部门面对恐怖袭击的应对能力。
根据演习预案，一名冒充病人的恐怖分子在医院内引爆炸弹，当场炸死三四人，炸伤30多人，爆炸导致数处起火，有毒气体外泄。乌鲁木齐市政府立即启动公共紧急预案，一个小时内就将爆炸现场秩序恢复正常。
